İnce bağırsak ileri düzey endoskopisi ; en az diğer sindirim sistemi organları kadar önemlidir.Bu bölgenin Malin(kötü huylu) hastalıkları daha nadirdir fakat Çölyak Hastalığı gibi tanısı zor,yamalı tutulum gösteren,hedeflenmiş biyopsiler alınmadıkça kolayca atlanabilecek hastalıklar bu bölgeyi tutar.Ayrıca ince bağırsak lenfoma tanısını koyarken ,”ileri düzey endoskopi” bize çok yardımcı olur.Bir de polipozis sendromlarının varlığında normal standart endoskoplarla görülemeyecek kadar küçük polipler yakalanır ve çıkartılarak hasta riskten kurtulmuş olur.